Разработчик Bamtools работает преимущественно с API и инструментарием Bamtools C++, предназначенным для чтения, записи и манипулирования данными формата BAM (Binary Alignment/Map), используемого в биоинформатике для хранения больших выравниваний нуклеотидных последовательностей. В обязанности разработчиков входит разработка, тестирование и сопровождение программного обеспечения Bamtools, обеспечение его эффективности и надежности. Кроме того, они работают над улучшением функциональности программного обеспечения, устраняют ошибки и внедряют новые возможности на основе отзывов пользователей и достижений в области биоинформатики. Они должны сотрудничать с другими разработчиками, исследователями и заинтересованными сторонами, часто им приходится объяснять сложные технические концепции в понятных терминах.